金融工程實驗室于2014年11月經江蘇省教育廳批準成立為江蘇省高校重點實驗室，2021年2月以良好通過驗收，2024年1月根據江蘇省教育廳要求，進行了優化重組。依托南京審計大學金融學、統計學、計算機科學、經濟學等學科，實驗室面向國家和區域經濟與金融發展需求，在原有實驗室基礎上優化重組，聚焦金融大數據與風險控制、數字經濟變革的金融風險管理、金融審計與金融監管創新、金融理論與貨幣政策創新四個具體科技問題。在前期建設中，實驗室形成了鮮明的金融學科優勢，堅持“創新與安全”并重的科研導向，創新“金融+審計”國際化人才培養模式，為實驗室優化重組目標的實現提供了基礎和支撐。

實驗室組建了金融理論與貨幣政策、金融大數據分析與風險控制、數字經濟變革下的金融風險管理、金融審計與金融監管四個方向團隊，團隊成員64人，其中研究人員45人，實驗技術人員12人，管理人員7人；高級職稱40人、中級職稱24人，具有博士學位教師61人，博士生導師4人，碩士生導師30余人，匯聚了享受國務院特殊津貼專家、江蘇省教學名師、江蘇省“333高層次人才、江蘇省有突出貢獻的中青年專家、江蘇省六大人才高峰高層次人才、江蘇省高校“青藍工程”優秀青年骨干教師等國家級、省級人才18人，科研實力雄厚。

近三年，實驗室成員在《管理世界》《經濟學（季刊）》《Discrete Mathematics》《International Review of Financial Analysis》《Applied Mathematics and Computation》等國內外頂尖刊物上發表論文200余篇，其中被SSCI、SCI等收錄40余篇。實驗室成員主持科研項目70余項，其中國家基金項目15項，省部級課題8項，縱向科研經費1100余萬元；為地方經濟社會服務項目20余項，經費超過800萬元。獲省部級以上科學研究成果獎4項。實驗室成立以來舉辦全國性學術交流會議3次，教師參加國內外學術交流40余人次。

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